水産研究・教育機構「日本海区水産研究所」

群集解析ツール

• 群集データをアップロードすると、多様度指数（種数・シャンノン・シンプソン・最優占種占有率）とαβγ多様度を計算します： 計算ページに移動
• 群集データをアップロードすると、類似する群集クラスターとnMDS配置図を図示します： 計算ページへ移動

群集データの多変量解析法とRのコードの解説

解説: ある地域にどのような生物が生息しているか知りたいと考えます。地域内に複数の地点を設けて生物群集の調査を行い、地点間で多様性や群集組成を比較すると、生物の種類の構成がどうなっているか、どの地点とどの地点の生物群集の個性が似ていて、地域的にどのようなパターンをしているか等を知ることができます。そして、環境との関連や、他の地域との比較、過去のデータとの比較などを検討すれば、そのようなパターンが成立する理由を考察できます。群集データは種ごとの個体数もしくは重量のデータを想定しており、各地点での生物群集の組成データが得られます。各種それぞれを変数だと考えると多変量データとなります。また、各地点で温度や底質などの環境条件も調査すると、これも多変量のデータとなります。

これらの多変量データをもとに、次のような解析を行います。各ページでは、Rによる解析例と解説を示しています。

• 多様度指数の比較
  群集組成の複雑さを表す多様度指数を、Renyiの多様度プロファイルで表現します。サンプルサイズを考慮して複数の群集の多様度指数を比較します。


• 群集組成による配置図：間接傾度分析
  良く似た群集組成の地点同士は近くに、似ていない地点は遠くになるように、空間上に地点を配置します(nMDS, PCoA)。その配置図に対する環境変数の相関を求めます。


• 群集組成と環境変数の関連：直接傾度分析
  間接傾度分析で求めた地点の配置を環境変数の重回帰によって説明するために、dbRDAを行います。


• 群集の類別と指標種の抽出
  クラスター分析を行い、IndVal法を用いてグループに特徴的な指標種を抽出します。

サンプルデータが以下にありますので、必要ならばダウンロードして下さい。

• 群集組成の個体数データ： spcdat.csv
• 環境変数のデータ： envdat.csv

このページは水産庁委託「漁場環境生物多様性評価手法実証事業」の活動の一環として作成されました

この事業の成果は瀬戸内海区水産研究所の漁場の生物多様性を調べよう-その評価のための基礎知見と応用-に詳しく解説しています